Thọ Xuân là một làng Việt cổ có từ xa xưa, cùng với việc tụ cư lập làng, hệ thống tôn giáo cũng sớm được hình thành, nhiều công trình kiến trúc được xây dựng để đáp ứng nhu cầu tôn giáo, tín ngưỡng của cộng đồng dân cư làng xã, đồng thời bảo lưu những giá trị văn hóa truyền thống của dân tộc. Từ ngàn xưa, hình ảnh cây đa giếng nước sân đình vốn đã quen thuộc và không thể thiếu trong các làng Việt cổ ở đồng bằng Bắc bộ. Ở mỗi làng trong xã hiện còn bảo tồn được hệ thống di tích lịch sử văn hóa tiêu biểu cho vùng xứ Đoài như đình Thọ Lão, Miếu Cổ Bồng đạc 10, đình Thanh Điềm….đã được nhà nước xếp hạng. Hầu như các thôn làng nào cũng có đủ các thiết chế văn hóa như đình, đền, chùa nhằm đáp ứng nhu cầu tín ngưỡng của nhân dân địa phương.
Qua khảo sát hệ thống tượng thờ tại chùa Bảo Lâm, có sự hiện diện của hệ thống tượng như: Tam Thế, Adiđà, Quan Thế Âm, Đại Thế Chí, Thích Ca Niêm Hoa, nhị vị Bồ Tát, Quan Âm Chuẩn Đề, Ngọc Hoàng, Nam Tào, Bắc Đẩu, Thích Ca Cửu Long, Quan Âm tống tử; Đức Ông, Già Lam, Chân Tử; Thánh Tăng, Diệm Nhiên, Đại Sỹ; hộ pháp Khuyến Thiện và Trừng Ác là những nhân vật lịch sử của tôn giao Phật giáo. Từ đó có thể khẳng định Chùa Bảo Lâm thờ Phật và chư vị Bồ tát theo phái Đại thừa.
Không chỉ là nơi thờ Phật, trong chùa có nhà thờ Tổ, thờ Mẫu, thờ đức thánh Trần. Việc thờ tự này là một loại hình tín ngưỡng dân gian của người Việt cổ được lưu truyền và tồn tại đến nay. Tuy có nguồn gốc và nội dung thờ tự khác nhau, song các tôn giáo, tín ngưỡng đều nhằm hướng con người đến điều thiện và tin vào một tương lai tốt đẹp.
Là ngôi chùa thờ Phật theo phái Đại thừa thuần túy, vào những ngày tuần tiết, những khóa lễ theo quy định của nhà Phật như lễ Thượng Nguyên, lễ vào hè, lễ Vu Lan, lễ Phật Đản... tại chùa Bảo Lâm đều diễn ra những hoạt động văn hóa và những nghi lễ thờ cúng rất trang nghiêm, thành kính. Vật phẩm dâng lên cúng Phật bao gồm xôi oản, bánh kẹo, chuối, hoa quả, trầu cau, nước tinh khiết.
Bên cạnh các ngày lễ theo Phật giáo, tại chùa Bảo Lâm còn duy trì nghi thức “chứa” vào các ngày (còn gọi là các vấn): mùng 1 tháng 4, mùng 5 tháng 5, mùng 1 tháng 7, ngày 27 tháng 10. Đối tượng thực hiện nghi thức này là các vãi theo sư trụ trì học Đạo Phật. Các vãi chuẩn bị đồ lễ chay như: xôi, đóng oản lễ để dâng tại các ban thờ trong chùa và thực hiện các nghi thức tụng kinh theo sự hướng dẫn của sư trụ trì.
Chùa Bảo Lâm tuy không còn giữ được dáng vẻ kiến trúc của ngày đầu khởi dựng nhưng đây là một di tích lịch sử văn hóa, nằm trên vùng đất có bề dày lịch sử giàu truyền thống yêu nước và cách mạng. Nơi đây đã trở thành trung tâm sinh hoạt văn hoá tâm linh của dân làng, giáo dục tinh thần yêu quê hương cho các thế hệ hiện sinh. Trải qua thời gian di tích đã hội tụ được những giá trị lịch sử, văn hoá, khoa học, thẩm mỹ sâu sắc, mang đặc trưng của vùng miền. Hiện nay, sự hiện diện của các hạng mục kiến trúc, hệ thống di vật và những sinh hoạt văn hóa liên quan đến di tích đã góp phần bảo lưu và phát huy giá trị văn hóa truyền thống tốt đẹp của địa phương.