Chùa Bột Xuyên được xây dựng lại vào năm Bảo Đại thứ 4 (1929), trải qua nhiều lần trùng tu nên có dáng vẻ như hiện tại và mang đậm phong cách kiến trúc truyền thống.
Chùa có tên tự là Linh Quang, mang ý nghĩa về ánh sáng linh thiêng, soi sáng con đường tu hành và giác ngộ của Phật tử. Trải qua thời gian, chùa trở thành một điểm tựa tâm linh quan trọng cho người dân địa phương và du khách thập phương.
Không chỉ là một nơi thờ Phật linh thiêng, chùa Bột Xuyên còn ghi dấu những trang sử hào hùng của cách mạng Việt Nam. Trong giai đoạn tiền khởi nghĩa (1941 – 1942), chùa trở thành một căn cứ bí mật của Đảng Cộng sản Việt Nam.
Chùa Bột Xuyên còn gắn liền với sự kiện Đồng chí Văn Tiến Dũng – nguyên Ủy viên Bộ Chính trị, Bộ trưởng Bộ Quốc phòng – đã từng sống và hoạt động bí mật tại chùa Bột Xuyên, đóng giả làm sư trụ trì để tránh sự truy lùng của thực dân Pháp.
Trải qua nhiều lần trùng tu, ngôi chùa trở nên khang trang, quy mô lớn, với kiến trúc được xây mới, hiện nay gồm: Tam Quan, Tam Bảo, Nhà Mẫu, Nhà Tổ, Nhà Lưu Niệm, Vườn Tháp.
Tam Quan chùa được xây dựng lại vào năm 2021, với quy mô lớn gồm cổng Tam Quan ở giữa, hai bên hai cổng phụ hai bên. Cửa giữa gồm 3 tầng mái chồng diêm, các tầng mái thu nhỏ dần khi lên cao, tạo vẻ thanh thoát. Hai bên cửa giữa có cầu thang dẫn lên tầng hai, lan can đắp họa tiết rồng cuốn mềm mại. Tại tầng hai bên trong có treo một quả chuông đồng.
Hai cổng phụ hai bên, mỗi cổng gồm 2 tầng mái, trên tầng hai gồm 2 mái chồng diêm, tất cả các cột trụ cổng đều được đắp nổi câu đối bằng chữ Hán, các góc mái gắn hình rồng, phượng và họa tiết hoa lá cách điệu, mái lợp ngói mũi hài truyền thống, diềm mái uốn cong mềm mại, trên đỉnh mái có hình lưỡng long chầu nguyệt bằng xi măng đắp nổi.
Ngoài Tam Quan, cổng còn hai cổng phụ nằm gần Tam Quan, hai cổng này thường được sử dụng đi lại của phật tử, mỗi cổng phụ đều gồm 2 tầng, phía trên tầng hai có đắp nổi ngày 10-10-2021, đây là thời gian xây dựng lại công trình này.
Qua Tam Quan là con đường bê tông chạy dài vào trong sân chùa, hai bên đường trông cây cối xung quanh.
Tam Bảo là khu thờ tự chính của chùa, được xây trên nền cao, có 7 bậc thang dẫn lên. Công trình gồm 3 gian hai chái, trong đó ba gian giữa làm lối ra vào, lắp hệ thống cửa gỗ bức bàn, hai gian bên xây kín và trổ cửa chữ Thọ. Phía trước, đầu hiên hai bên có hai trụ biểu cao, tổng thể kiến trúc theo kiểu chữ Đinh.
Bên trong Tiền Đường, ba gian giữa là không gian thờ tự chính, nổi bật với hệ thống cửa võng sơn son thếp vàng, kết cấu chồng rường, đầu cốn, kẻ suốt. Tại đây đặt tượng Hộ pháp kích thước lớn, tư thế ngồi trên bệ uy nghi, hai bên là ban thờ Đức Ông, Đức Thánh Hiền.
Hậu Cung nối liền với Tiền Đường về phía sau, gồm 2 gian, bài trí nhiều lớp tượng: Tam Thế Phật, Cửu Long, Di Lặc… Các tượng có kích thước nhỏ, đều ngồi trên bệ. Không gian Tam Bảo được trang trí thêm hoành phi, câu đối chạm khắc chữ Hán, tạo nên vẻ trang nghiêm và cổ kính.
Mái Tam Bảo được lợp ngói mũi hài truyền thống, góc mái gắn hình con kìm, giữa nóc mái là hình hổ phù cõng bánh xe pháp luân.
Nhà Tổ nằm phía sau Tam Bảo, qua một sân nhỏ, là nơi tưởng niệm các vị trụ trì đã viên tịch của chùa. Công trình gồm hai nếp nhà chữ Nhất đặt song song trên cùng một nền, giữa hai nếp có rãnh thoát nước. Nền được xây cao, cùng hệ thống cột đá vuông tại hiên, cửa ra vào là cửa thượng song hạ bản, trang trí các họa tiết hoa văn.
Quy mô Nhà Tổ gồm 7 gian, trong đó ba gian giữa làm không gian thờ tự, các gian bên dùng làm nơi nghỉ và sinh hoạt của sư trụ trì.
Bên trong, gian chính giữa thờ Bồ Tát, bên tả thờ Tổ Tăng, bên hữu thờ Quán Thế Âm Bồ Tát, hệ thống tượng thờ hiện đều là tượng mới, với dáng ngồi trên kệ.
Ngoài ra, ở hai bên trái /phải Tam Bảo là hai dãy nhà mỗi nhà gồm 7 gian, bên trái là Nhà Mẫu có kiến trúc chữ Đinh, bên phải là Nhà Lưu Niệm. Công trình có kiến trúc đơn giản không trang trí hoa văn. Chùa Bột Xuyên đã được Nhà nước công nhận là Di tích lịch sử cấp Quốc gia vào ngày 12 tháng 8 năm 1993, khẳng định giá trị lịch sử và văn hóa to lớn của ngôi chùa.