Chùa được khởi dựng vào thời kỳ vua Lê Hiển Tông. Qua nhiều lần trùng tu tôn tạo, đến thế kỷ XVII chùa đã có quy mô và hệ thống tượng khá phong phú đầy đủ. Đến đầu thế kỷ XIX chùa bị xuống cấp nghiêm trọng, dân làng đã di chuyển chùa xuống dưới chân núi tôn tạo lại. Đến năm Ất Hợi 1935, chùa Hoa Phát được trùng tu lớn, để lại quy mô như hiện tại.
Hiện chùa Hoa Phát có các công trình: tam quan, gác chuông, chùa chính, nhà Tổ- Mẫu và các công trình phụ trợ.
Tam quan và gác chuông được xây dựng vôi gạch đơn giản theo kiểu thức 2 tầng trên một nền vuông. Tầng trên tam quan treo khánh “Hoa Phát tự”” đúc năm Minh Mệnh 20 (1839). Gác chuông được xây năm 1944 treo quả chuông “Hoa Phát tự chung’’ đúc năm Đinh Tị thời Tây Sơn.
Chùa chính và nhà Tổ - Mẫu đặt song hành nhau trên một nền cao dựa vào sườn núi, theo kiểu tường hồi bít đốc tay ngai. Các bộ vì được làm theo thức vì “Thượng chồng rường, giá chiêng hạ kẻ, bẩy hiên’’. Chủ yếu được bào trơn đóng bén tạo sự thanh cao, tôn nghiêm. Các nhà khác của chùa được làm chạy dọc hai bên sân tạo thành hình chữ U vuông vức.
Trang trí nghệ thuật trong chùa Hoa Phát chủ yếu tập trung vào hệ thống di vật. Hệ thống tượng tròn gồm 51 pho tượng tròn cùng tòa Cửu Long, trong đó có nhiều pho đẹp như Đại Thế Chí Bồ Tát, Quan Thế Âm Bồ Tát, Thích Ca thành đạo cùng hại vị trợ thủ trong bộ tượng này. Nhiều bức y mô, cửa võng bằng gỗ chạm cùng các hoành phi, câu đối, đại tự được sơn thiếp rực rỡ. Trước cửa chùa dựng 5 tấm bia đá trong các nhà bia và còn một số bia được khắc trên vách sườn núi đá.