Từ cửa vào động Hoàng Xá đi khoảng 200m, sau đó rẽ phải tới chùa Hoa Vân. Chùa bao gồm các hạng mục như tiền đường, thượng điện, nhà khách, nhà tổ, nhà mẫu.
Tiền đường là ngôi nhà 5 gian 2 dĩ, kiểu tường hồi bít đốc tay ngai, mái lợp ngói ri, phần mái trước thắt cổ diêm hai tầng mái. Ở hai đầu và giữa bờ nóc mái đặt 3 cây tháp cửu phẩm liên hoa, gợi cho biết ngôi chùa này thờ Phật theo tông Tịnh Độ. Mặt trước là hệ thống cửa làm theo thượng song hạ bản. Các bộ vì bên trong kết cầu theo lối “Thượng giá chiêng cọn nhị, hạ kẻ bẩy’’ trên bốn hàng chân cột.
Thượng diện là ngôi nhà dọc nối từ giữa tiền đường về phía sau gồm 3 gian, tại đây xây các bệ thờ dập cấp cao dần bài trí các pho tượng Phật.
Chùa Hoa Vân cùng với đền Văn Xương Đế Quân, đền Hạ (bị quân xâm lược Pháp đốt cháy những năm 1949), chùa Hoàng Kim đã tạo thành một quần thể đền chùa độc đáo, phù hợp với cảnh trí thiên nhiên mĩ lệ.
Trước cửa chùa, sát với đường liên xã là hồ sen rộng , thường được gọi là Giếng Cả, hình con cá chép khổng lồ nằm ghếch đầu về phía cửa động. Giữa hồ cá là rốn cá (ngư đỗ), có mô đất nổi, trên xây dựng một ngôi quán gọi là Quán Gió, nối với bờ bằng một cây cầu hình bán nguyệt.
Bên ngoài giếng Cả, qua đường liên xã, là Gò Mãng Xà, giống hai con rồng chầu, hướng về phía cửa động. Nay khu vực này là Nghĩa trang liệt sĩ của xã. Phía trước mặt động, chếch sang bên phải là đình Hoàng Xá. Sau đình là quán thờ tướng Lữ Gia, người được tôn làm thành hoàng làng.