Chùa Hội Phụ có tên chữ là “A Phái tự”. Theo truyền khẩu của dân làng, chùa đã có từ rất lâu đời, và đã trải qua nhiều lần trùng tu, sửa chữa. Qua khảo cứu tài liệu, các di vật, đồ thờ ở chùa có nhiều tượng cổ của niên đại thế kỷ XVIII - XIX, chuông thời Gia Long… Chùa được đoán định được khởi dựng từ thời Lê Trung Hưng. Chùa có chuông rất lớn đúc năm Gia Long thứ 11 (1812) và hệ thống các tượng Phật đẹp, có kích thước lớn, từ đó có thể hình dung từ trước đây chùa đã có khuôn viên rất rộng. Chùa chính trước đây ở ngay sau đình, bên cạnh đền tạo nên quần thể kiến trúc tiền Thần hậu Phật, nhưng do chiến tranh chùa bị hư hại nên sau khi hòa bình, chùa được phục dựng lại ở nơi khác: Đất cũ của chùa được xây trường học. Với sự quan tâm của Đảng và nhà nước, năm 2021 - 2022, ngôi chùa được phục dựng lại trên nền chùa xưa với đầy đủ các hạng mục như tam quan, chùa chính, nhà Mẫu, nhà Tổ, nhà khách… và di chuyển tượng pháp về thờ phụng tại đây.
Chùa có kết cấu kiểu chữ “đinh” gồm tiền đường và hậu cung. Bên cạnh đó, trong khuôn viên chùa còn có tòa điện Mẫu.
Tam quan chùa to lớn, đồ sộ, được xây bằng gạch kiểu thượng gia, hạ kiều (gần giống nghi môn ngoại đền Cổ Loa) với diện mạo tựa như một cổng thành, tầng dưới là 3 cửa đi được xây kiểu cuốn vòm, lắp cánh cửa gỗ chắc khỏe, tầng trên thu gọn dưới dạng vọng lâu 2 tầng 8 mái. Lan can của tầng 2 và cả phần cổ diêm của vọng lâu đều trang trí dạng chấn song, tường phía trước trổ 1 cửa sổ tròn, tầng trên cùng trổ cửa sổ hình vuông. Các mái đao trên cùng uốn cong thanh thoát, trang trí đầu kìm, rồng, lân, văn mây... Nối với 2 trụ nhỏ là tường xây giật cấp kiểu tay ngai, trang trí văn triện, đỉnh trụ nhỏ trang trí lân chầu, trán cổng và thân trụ đắp câu đối.
Tiền đường với 5 gian, 2 chái rộng, chính giữa trên bờ nóc trang trí đắp bệ sen, trên có bánh xe luân hồi, hai đầu đốc trang trí đầu kìm hình lạc long thủy quái, lân chạy bờ dải, mái uốn đao cong mềm mại với hình các cụm mây, long hóa… 5 gian giữa lắp cửa bức bàn, hai gian đầu hồi xây tường bao kín, trổ cửa sổ. Thượng điện được nối với tiền đường, ở gian giữa có 3 gian chạy dọc nối với nếp nhà 5 gian ở phía sau tạo nên mặt bằng chữ “công”, xây bệ giật cấp để bài trí tượng Phật. Nếp nhà 5 gian nối với thượng điện được làm lối uốn đao cong 4 mái như tiền đường tạo nên vẻ đẹp hoàn mỹ của ngôi chùa. Kết cấu 4 hàng chân cột, các bộ vì làm lối thượng giá chiêng, chồng xà, tiền kẻ, hậu bẩy. Trang trí trên kiến trúc chủ yếu đề tài tứ linh, tứ quý, văn mây, là lật, soi gờ… Chùa còn lưu giữ các di vật từ thế kỷ XVIII như một số pho tượng A di đà Quan âm hành đạo ở chùa cũ chuyển sang.
Nhà Mẫu có 5 gian, được làm theo theo lối đầu hồi bít đốc, tay ngai có trụ biểu, cột đá chạy hàng hiên, cửa bức bàn, trên nóc đắp hai đầu kìm. Bên trong bài trí tượng thờ Mẫu. Điện Mẫu có ban thờ Thánh Mẫu cùng tứ phủ công đồng, 3 pho tượng Mẫu, 3 pho tượng Tổ bằng gỗ sơn son thiếp vàng của nghệ thuật thế kỷ XIX. Bên trái có ban thờ Hậu, pho tượng Hậu bằng gỗ mà truyền tích, bia ký phản ánh là vị Hậu đã công đức tiền của lớn để trùng tu chùa. Pho tượng Hậu mang phong cách nghệ thuật thế kỷ XVIII, sơn thiếp và được miêu tả kỹ áo, châm, mũ với các hoa văn họa tiết đẹp, trang nhã.
Ngoài ra chùa mới được xây thêm nhà Tổ 5 gian để thờ Tổ chùa, nhà khách 5 gian để phục vụ nhu cầu tâm linh của nhân dân địa phương. Sau Tam bảo là 4 ngôi tháp cổ xây 3 tầng bằng gạch không trát có từ thời Lê - Nguyễn.
Ngôi chùa còn gìn giữ được những cổ vật có giá trị: 3 tấm bia Hậu thời Nguyễn bằng đá xanh ghi việc công đức sửa chữa chùa và bầu Hậu Phật của làng. Hai chuông đồng, chuông to có khắc tên là “A Phái tự chung” - Chuông chùa A Phái, chuông đúc năm Gia Long thứ 11 (1812), khắc ghi bài minh vào năm 1813. Bài minh do Thanh tả khê cư sĩ Nguyễn Quý Nha soạn. Một quả chuông khác nhỏ hơn đúc năm Khải Định thứ 8 (1923), dưới mặt chuông có đúc nổi hệ tứ linh, chuông ghi ít chữ vắn tắt.
Những năm tiền khởi nghĩa nhiều đồng chí lãnh tụ của Đảng đã từng hoạt động ở địa phương trong quá trình xây dựng và củng cố an toàn khu của Trung ương Đảng ở Đông Anh. Khi đó chùa, đình, đền thôn Hội Phụ trở thành địa điểm hoạt động, cất giấu tài liệu và liên lạc của cách mạng. Dưới bàn thờ Đức Ông, sư trụ trì ở chùa đã tạo thành một hầm bí mật cất giấu tài liệu của Đảng và Việt Minh.
Đình - đền - chùa Hội Phụ là những kiến trúc tôn giáo tín ngưỡng truyền thống của địa phương, có giá trị tiêu biểu về lịch sử, văn hoá, kiến trúc nghệ thuật. Cụm di tích nằm trong vùng gắn liền với dấu tích lịch sử văn hoá từ thời An Dương Vương xây thành Cổ Loa ở thế kỷ thứ 3, đến thời Hai Bà Trưng và những năm hưng thịnh nhất của triều Lý (thế kỷ XII - XIII). Cụm di tích được xếp hạng Di tích lịch sử, kiến trúc nghệ thuật Quốc gia tại Quyết định số 310/QĐ/BT/1996 ngày 13/2/1996.