Chùa được xây dựng cách ngày nay đã lâu, tuy nhiên thời gian chính xác thì không ai nhớ được. Căn cứ vào quả chuông đông hiện đang treo ở gác chuông của chùa có niên hiệu Thiệu Trị thứ 3 (1843) có tên (Linh Quy tự chung, nghĩa là: Chuông chùa Linh Quy). Nội dung văn chuông có đoạn viết rằng: Kim cứ Đại Nam quốc, Hà Nội tỉnh, Thường Tín phủ, Thượng Phúc huyện, Có Hiền tổng, Hưng Hiền xã, Tư Đồng xã thượng hạ viên ấp lý dịch thái ấp lão bà cập thiện tín đàn na nhân cựu dương chú các tuyên tại chung dĩ vi dịch tha. Tạm dịch là: Nay quan viên lý dịch, thái ông lão bà, thiện tín đàn na trên dưới Tư Đồng, xã Hưng Hiền, tổng Cổ Hiền, huyện Thượng Phúc, phủ Thường Tín, tỉnh Hà Nội, nước Đại Nam nhân (việc cũ) đúc đồng khắc chuông để lại đời sau). Theo nội dung trên thì chuông có tên đúng như tên chữ hiện nay của di tích là chùa Linh Quy, thuộc xã Hưng Hiền (nay là thôn Hưng Hiền), tổng Cổ Hiền. Như vậy có thể khẳng định chùa Hưng Hiền đã có ít nhất từ trước khi quả chuông này được đúc, tức là trước năm 1843 (những năm đầu thế kỉ XIX).
Căn cứ vào những di vật hiện nay có trong di tích, trong đó có các pho tượng Tam thế, tượng A Di Đà và tòa Cửu long là những pho tượng mang phong cách nghệ thuật thế kỉ XVIII. Những di vật đó tuy không thể cho phép xác định niên đại chính xác của di tích nhưng qua đó có thể đoán định niên đại xây dựng tương đối của di tích là vào khoảng thế kỉ XVIII. Nếu niên đại xây dựng di tích đúng như đoán định thì chứng tỏ di tích đã có lịch sử tồn tại và phát triển khá lâu dài trên mảnh đất Thường Tín.
Không có tài liệu nào ghi lại những lần trùng tu đã qua của di tích nhưng từ khi ra đời đến nay ngôi chùa đã trải qua thời gian dài tồn tại, bị ảnh hưởng bởi chiến tranh, binh hỏa, thiên tai, vì vậy không thể tránh khỏi hư hỏng, xuống cấp và chắc chắn nhân dân địa phương đã nhiều lần trùng tu sửa chữa. Chùa Hưng Hiền hiện nay là sản phẩm của những lần trùng tu sau này.
Chùa Hưng Hiền là một trong những điểm đến văn hóa, tín ngưỡng của người dân địa phương. Như bao ngôi chùa khác, chùa Hưng Hiền ra đời trước hết là nơi thờ Phật theo Phật giáo phái Đại thừa. Phật giáo là một tôn giáo được Thích Ca Mâu Ni (Shakyamuni) truyền giảng ở miền bắc Án Độ vào thế kỷ 6 TCN. Được truyền bá trong khoảng thời gian 49 năm khi Phật còn tại thế ra nhiều nơi đến nhiều chủng tộc. Lịch sử phát triển của đạo Phật khá đa dạng về các bộ phái cũng như các nghi thức hay phương pháp tu học. Ngay từ buổi đầu, Thích Ca Mâu Ni - người sáng lập đạo Phật, đã tổ chức được một giáo hội với các giới luật chặt chẽ. Nhờ vào sự uyên chuyển của giáo pháp, đạo Phật có thể thích nghi với nhiều hoàn cảnh xã hội, nhiều dạng người, nhiều tập tục ở các thời kỳ khác nhau, và do đó ngày nay Phật giáo vẫn tiếp tục tồn tại và ngày càng phát triển rộng rãi trên toàn thế giới ngay cả trong các nước có nền khoa học tiên tiến như Hoa Kỳ và Tây Âu.
Phật giáo được du nhập vào Việt Nam từ rất sớm, ngay từ đầu Công nguyên với truyện cổ tích Chử Đồng Tử (ở Hưng Yên ngày nay) học đạo của một nhà sư Ấn Độ. Luy Lâu (thuộc tỉnh Bắc Ninh) là trị sở của quận Giao Chỉ sớm trở thành trung tâm Phật giáo quan trọng. Các truyền thuyết về Thạch Quang Phật và Man Nương Phật Mẫu xuất hiện cùng với sự giảng đạo của Khâu Đà La (Ksudra) trong khoảng các năm 168-1892
Do tiếp thu Phật giáo trực tiếp từ Ấn Độ nên từ Buddha (bậc giác ngộ) được phiên âm trực tiếp thành "Bụt", từ "Bụt" được dùng nhiều trong các truyện dân gian. Phật giáo Việt Nam lúc ấy mang màu sắc của Tiểu thừa*., Bụt được coi như một vị thần chuyên cứu giúp người tốt, trừng phạt kẻ xấu. Sau này, vào thế kỷ thứ 4-5, do ảnh hưởng của Phật giáo Đại thừa đến từ Trung Quốc mà từ "Bụt" bị mất đi và được thay thế bởi từ "Phật'. Trong tiếng Hán, từ Buddha được phiên âm thành "Phật đà", "Phật đồ" rồi được rút gọn thành "Phật".
Phật giáo ăn sâu, bám rễ vào Việt Nam từ rất sớm. Đến đời nhà Lý, nhà Trần, Phật giáo phát triển cực thịnh, được coi là quốc giáo, ảnh hưởng đến tất cả mọi vấn đề trong cuộc sống. Đến đời nhà Hậu Lê thì Nho giáo được coi là quốc giáo và Phật giáo đi vào giai đoạn suy thoái. Đến đầu thế kỷ 17, vua Quang Trung cố gắng chấn hưng đạo Phật, chỉnh đốn xây chùa, nhưng vì mất sớm nên việc này không có nhiều kết quả. Đến thế kỷ 20, mặc dù ảnh hưởng mạnh của quá trình Âu hóa, Phật giáo Việt Nam lại phát triển mạnh mẽ khởi đầu từ các đô thị miền Nam với các đóng góp quan trọng của các nhà sư Khánh Hòa và Thiện Chiếu.
Nội dung thờ cúng chính của chùa Hưng Hiền là thờ Phật, di tích ra đời do sự hằng tâm, hằng sản, lòng mộ đạo của của những người dân quanh vùng Bằng hệ thống giáo lý, tư tưởng về sự luân hồi, giác ngộ khuyến thiện của đạo Phật, chùa Hưng Hiền đã tạo nên những truyền thống tốt đẹp cho cộng đồng cư dân làng Hưng Hiền nói riêng và nhân dân quanh vùng nói chung. Giáo lý đạo Phật góp phần điều chỉnh hành vi đạo đức cho mỗi con người và là nơi lưu giữ những tập tục, truyền thống văn hóa lâu đời của dân tộc. Phật tử tri ân đức Phật ngoài việc tô tượng, đúc chuông, xây cất chùa còn phải gia công học theo lời dạy, sống theo những đức hạnh mà đức Phật khuyên răn để phát triển năng lực tinh thần. Bên cạnh nội dung thờ Phật, chùa Hưng Hiền còn thờ Mẫu và thờ Tổ. Việc thờ cúng này bắt nguồn từ tín ngưỡng bản địa, tín ngưỡng thờ cúng tổ tiên của người Việt và thể hiện truyền thống "uống nước nhớ nguồn" rất tốt đẹp của dân tộc ta. Đất nước ta hình thành trên cơ sở một nền nông nghiệp lạc hậu, chịu ảnh hưởng của khí hậu khắc nghiệt, địa hình phức tạp. Trước hoàn cảnh bất thuận ấy, người Việt cổ cùng các thế hệ kế tiếp đã có sự đấu tranh sinh tồn; vừa giữ gìn bản sắc dân tộc, vừa sáng tạo ra nền văn hóa, văn minh riêng trong đó có tục thờ Nữ thần nông nghiệp.
Việc thờ Phật ở Việt Nam cùng một số nước Đông Nam Á cũng có sự ảnh hưởng của tục thờ Mẫu bản địa, cụ thể là sự xuất hiện của Phật Bà Quan Âm, một dung hợp màu sắc giữa Phật giáo Việt Nam với Ấn Độ, Trung Hoa, Triều Tiên. Còn Man Nương trong huyền thoại Tứ Pháp là nét riêng trong của dân tộc Việt với sự hài hòa của sứ đạo Thiên Trúc. Riêng tục thờ Mẫu là nét độc đáo mang bản sắc của dân tộc vùng lúa nước, vùng châu thổ sông Hồng,
Như vậy, hiện nay tại chùa Hưng Hiền thờ Phật, Chư vị Bồ tát theo truyền thống thờ cúng của đạo Phật và chùa còn thờ Mẫu theo tín ngưỡng bản địa của người dân Việt Nam. Mỗi năm chùa Hưng Hiền tổ chức bốn khóa lễ lớn: Lập xuân, lập hạ, ra hè, đông chí. Việc tổ chức bốn khóa lễ này do nhà chùa trụ trì, nhân dân quanh vùng dâng hương hoa oản quả lên làm lễ. Ngoài ra, hàng năm tại chùa còn diễn ra các kỳ lễ chính của Phật giáo (theo ngày Âm lịch) như sau:
* Ngày mồng Một tết Nguyên đán: lễ vía Đức Phật Di lặc.
* Rằm tháng Giêng: lễ Thượng Nguyên. Vào tiết này các Phật tử và các thiện nam, tín nữ đi lễ ở chùa rất đông, mong cầu một năm đầy hạnh phúc tốt lành, giàu sang phú quý và an khang thịnh vượng.
* Ngày 08/2: lễ vía Đức Phật Thích Ca xuất gia.
* Ngày 15/2: lễ vía Đức Phật Thích Ca niết bàn.
* Ngày 19/2: lễ vía Bồ tát Quan âm.
* Ngày 21/2: lễ vía Bồ tát Phổ Hiền.
* Ngày 15/3: Kỵ Mẫu Liễu Hạnh.
* Ngày 16/3: lễ vía Đức Bồ tát Chuẩn Đề.
* Ngày 04/4: lễ vía Bồ tát.
* Ngày 15/4: Lễ vía Đức Phật Thích ca đản sinh. Đồng thời làm lễ kiết hạ an cu.
* Tháng 6: lễ vía Đức Bồ Tát Quan âm hành đạo.
* Tháng 7: lễ vía Đức Bồ tát Đại Thế chí.
* Ngày 15/7: lễ Vu Lan báo hiếu, báo ân (Xá tội vong nhân). Vào ngày này nhà chùa thường làm lễ tụng kinh, thả đèn, phóng sinh. Phật tử đến lễ rất đông.
* Ngày 30/7: lễ vía đức Bồ tát Địa tạng vương.
* Ngày 20/8: ky, Đức Thánh Trần Hưng Đạo.
* Ngày 19/9: lễ vía Đức Bồ tát Quan Âm xuất gia tu đạo.
* Ngày 30/9: lễ vía Đức Phật Dược sư.
* Ngày 17/11: lễ khánh đản Đức Phật A Di Đà.
* Ngày 18/12: lễ đức Phật Thích Ca Mâu Ni thành đạo.
Theo lời kể của người dân địa phương thì trước đây chùa Hưng Hiền vốn là một vùng danh thắng. Trải qua thời gian, chiến tranh, thiên tai và tác động của tự nhiên, chùa đã không còn giữ được dáng vẻ ban đầu nhưng ngôi chùa vẫn giữ được địa thế, khuôn viên của chùa Hưng Hiền từ xa xưa.