Không chỉ nằm trong khu danh lam thắng tích Chùa Thầy nổi tiếng, chùa Một Mái còn được biết tới là nơi Bác Hồ đã ở và làm việc từ ngày 3 tháng 2 đến 2 tháng 3 năm 1947.
Đêm mồng 3.2.1947, Chủ tịch Hồ Chí Minh về Sài Sơn, ở và làm việc tại gian đầu hồi phía bên phải điện Mẫu của chùa Một Mái. Một tháng ở chùa Một Mái, Người đã cùng các đồng chí trong Trung ương và Chính phủ giải quyết nhiều công việc quan trọng của đất nước. Từ chùa Một Mái, ngày 10.2.1947, Chủ tịch Hồ Chí Minh tới Đồn Dương thuộc phủ Nho Quan để chủ tọa hội nghị quan trọng của các điền chủ tỉnh Ninh Bình. Buổi tối ngày 16.2.1947, Người từ Sài Sơn về Chương Mỹ chủ trì cuộc họp Hội đồng Chính phủ, nghe những báo cáo quan trọng của Bộ Kinh tế, Bộ Ngoại giao, và bàn nhiều công việc cấp bách của cuộc kháng chiến chống Pháp. Tối 18.2.1947, Bác đi thăm và làm việc ở tỉnh Thanh Hóa. Đêm mồng 2.3.1947, từ chùa Một Mái, Chủ tịch Hồ Chí Minh đến phủ Quốc Oai chủ tọa phiên họp Hội đồng Chính phủ, bàn và quyết định nhiều việc lớn, trong đó có việc quan trọng và cấp thiết là nhanh chóng tổ chức di chuyển các cơ quan Chính phủ sang Phú Thọ để chuyển lên Việt Bắc. Tối mồng 3.3.1947, Chủ tịch Hồ Chí Minh rời động Hoàng Xá, qua bến phà Trung Hà, sang Phú Thọ, lên chiến khu Việt Bắc…
Kháng chiến chống Pháp thắng lợi, đầu tháng 10.1954, Chủ tịch Hồ Chí Minh cùng các cơ quan Trung ương trở về Thủ đô. Dù bận trăm công nghìn việc, ngày 19.5.1957, Bác Hồ đã về thăm lại ngôi chùa Một Mái trong khu thắng tích Sài Sơn. Bác xúc động dừng chân khá lâu trước nhà Tổ, trước gian đầu hồi mé bên phải điện Mẫu, nơi hơn 10 năm trước, Người đã sống và làm việc ở đó một tháng. Và hai năm sau, cũng vào ngày sinh nhật Người, 19.5.1959, Chủ tịch Hồ Chí Minh một lần nữa lại về thăm Sài Sơn và ngôi chùa Một Mái…
Chùa Một Mái được xây dựng vào cuối thế kỉ XIX. Nằm ở phía Tây núi Sài Sơn với lối kiến trúc đặc trưng thời Nguyễn theo kiểu chữ “tam” bao gồm: Tam quan kiểu tám mái, điện Mẫu gồm 5 gian còn nhà Tổ chỉ có một gian bán mái dựng tựa lưng vào núi. Bởi thế nên dân gian quen gọi Bối Am tự là chùa Một Mái.
Cổng chùa bé, con đường gạch giữa hàng duối xen thẳng tắp. Trong khuôn viên có vài ngôi tháp mộ, dưới chân núi cạnh đường lên chùa có hang Bò. Qua chùa Một Mái là đến Khe Gió, hoặc Hang Gió.
Chùa chính gồm Tiền đường, Thượng điện. Tòa Tiền đường gồm 3 gian chạy dọc phía ngoài với 4 bộ vì kèo 4 hàng chân. Thượng điện chỉ có một mái tựa vào vách núi kiểu chồng diêm. Hệ thống tượng Phật của chùa được đặt trực tiếp ở các bệ trên sườn núi, tạo nên cảnh sắc thanh tịnh.
Hiện tại, cùa còn lưu giữ được nhiều di vật có giá trị như tượng Đô đốc Phan Văn Kính và tượng hai bà vợ của Đô Đốc có niên đại thế kỷ XVIII-XIX, một số bia đá mai nha có niên đại thế kỷ XVIII và nhiều di vật có từ đầu thế kỷ XX…