Chùa Nhân Lý được cổ nhân tạo dựng trên một thế đất đẹp, trong khuôn viên cây cổ thụ xanh mát quanh năm. Di tích quay theo hướng tây nam, bao gồm các hạng mục: Tiền đường, Thượng điện, nhà Tổ, nhà Mẫu và hệ thống sân vườn bao quanh di tích. Phía trước Tiền đường là dãy nhà ngang được dựng trên nền móng cũ của Tam quan chùa. Đây là toà nhà 3 gian 2 chái, kết cấu 2 hàng chân cột. Tiền đường gồm 5 gian, kết cấu kiểu kiến trúc 2 tầng 4 mái. Mái lợp ngói mui, chính giữa bờ nóc đắp lưỡng long trầu nhật với rồng đuôi xoắn, râu cá trê, toàn thân đắp mảnh sành. Bên trong Tiền đường, các bộ vì được kết cấu theo các kiểu thức khác nhau. Bộ vì gian giữa và gian bên kết cấu “thượng chồng rường giá chiêng, trung ván mê, hậu bảy hiên”; bộ vì gian hồi kết cấu “thượng cốn mê, trung ván, hậu bảy hiên”. Các phần của bộ vì Tiền đường được phân chia rõ ràng nhờ vào hệ thống các hàng chân cột. Gian giữa Tiền đường dành cho việc cúng lễ, hai bên cạnh đặt tượng hai ông Hộ pháp. Tượng Đức Ông ngồi bên trái toà Tiền đường; tượng Thánh Tăng ngồi bên phải toà Tiền đường.
Nối từ gian giữa Tiền đường là Thượng điện thành hình “chuôi về”, chữ “đinh”. Bộ vì toà Thượng điện liên kết theo kiểu thức “thượng chồng rường hạ kẻ ngồi”. Toà Thượng điện là nơi thâm nghiêm bài trí các lớp tượng.
Trong toàn bộ khuôn viên chùa, ngoài điện thờ Phật, nhà Tổ nhà Mẫu có kiến trúc đơn giản, chủ yếu là kiểu kiến trúc tường hồi bít đốc, quá giang vì kèo để bài trí tượng và các đồ tế khí khác. Bên cạnh đó, chùa còn có vườn để xây dựng tháp mộ cao ba tầng là nơi an nghỉ của các vị sư đã từng là sư tổ trụ trì chùa.