Chùa Phả Tế là di tích tôn giáo tín ngưỡng thờ Phật. Ngoài ra, trong chùa còn phối thờ những người có nhiều công đức với di tích. Bên cạnh việc thờ hậu, trong chùa còn có nhà thờ tổ, nhà thờ Mẫu.
Chùa Phả Tế hiện nay được tọa lạc trên một khu đất cao ráo, thuộc thôn Ngô Sài nhìn theo hướng Tây – Nam sát đường. Được khởi dựng từ sớm, sau đó được tôn tạo vào những năm đầu thế kỷ XX, với mục đích phục vụ nhu cầu tín ngưỡng của người dân địa phương. Trải qua những bước phát triển thăng trầm của lịch sử Thủ đô và dân tộc, kiến trúc chùa Phả Tế thời Nguyễn xưa khác với quy mô và hình thức chùa Phả Tế ngày nay. Những cuộc trùng tu, tôn tạo đã phần nào làm mất đi dáng vẻ ban đầu, tuy nhiên chùa vẫn giữ được những nét kiến trúc truyền thống.
Mở đầu cho kiến trúc chính và các hạng mục: Gác chuông, Tam quan, nhà bia được xây dựng từ ngoài đường chính vào.
Chùa chính được xây theo hướng Tây – Nam, gồm tiền đường, trung đường và thượng điện. Tiền đường và trung đường được xây dựng theo lối chữ Nhị (=), thượng điện được kết cấu kiến trúc kiểu chữ “đinh”. Tuy nhiên cả ba kiến trúc này được nối liền nhau để tạo thành không gian thống nhất kiến cho lòng chùa có diện tích khá rộng. Thượng điện, kiểu tường hồi bít đốc, mái lợp ngói ta, kết cấu vì gỗ được làm kiểu “thượng giá chiêng, hạ kẻ ngồi’’, trên mặt bằng hai hàng chân trốn cột, nền lát gạch men.
Hệ thống di vật của di tích tương đối phong phú và đa dạng, những di vật có giá trị về mặt văn hóa lịch sử, nghệ thuật và thẩm mĩ: bia đá thời Nguyễn, hệ thống tượng thờ, hoành phi, cửa võng, cuốn thư, y môn…đã góp phần tôn thêm vẻ đẹp của kiến trúc tín ngưỡng.