Ngôi đền thờ hiện nay được xây dựng trên chính nền đất của ngôi nhà cổ — nơi cụ Phùng Khắc Khoan được sinh ra, lớn lên và từng mở lớp học đường mang tên Hoàng đạo thư đường. Sau khi ông tạ thế, triều đình và dòng họ đã lập đền thờ phụng, trải qua nhiều lần tu sửa lớn dưới thời Nguyễn (năm Duy Tân thứ nhất - 1907).
Không gian tổng thể: Khu di tích có khuôn viên rộng rãi với sân gạch, ao cá và tường bao kiên cố. Ngay cổng vào có hai cột trụ cao đắp nghê chầu uy nghiêm.
Bố cục kiến trúc: Đền được thiết kế theo kiểu chữ “Nhị” (二), gồm hai ngôi nhà song song: Bái đường ở phía trước và Hậu từ (Đền hậu) ở phía sau. Hệ thống cột kèo bằng gỗ lim chắc chắn, kết hợp với các mảng chạm khắc hoa văn mây, rồng, hoa lá mang đậm nét nghệ thuật kiến trúc thời Hậu Lê và Nguyễn.
3. "Bảo tàng" hiện vật vô giá giữa đời thực
Điều làm nên giá trị độc đáo của Đền thờ Trạng Bùng chính là hệ thống cổ vật phong phú, biến nơi đây thành một bảo tàng danh nhân thu nhỏ:
Các sắc phong và tư liệu: Đền còn lưu giữ nhiều đạo sắc phong của các triều đại phong kiến ban tặng, cùng cuốn sách Phùng tướng công phụng Bắc sứ ký ghi lại hành trình đi sứ lẫy lừng của ông.
Kỷ vật thiêng liêng: Ba bức họa lụa truyền thần chân dung cụ Phùng Khắc Khoan cổ xưa cùng cặp gậy cắm sừng hươu — những kỷ vật gắn liền với cuộc đời vị Mai Quận công.
Bia đá cổ: Các tấm bia Học điền bị ký (1897) hay Từ đường bi ký (1928) ghi chép lại tục lệ thờ tự, ruộng đất của nhà thờ, minh chứng cho sự tôn kính bền bỉ của người dân địa phương qua nhiều thế kỷ. Cách di tích đền thờ không xa là khu lăng mộ cụ Trạng Bùng nằm yên bình trong khu dân cư của làng.
4. Điểm đến văn hóa tâm linh ý nghĩa
Hằng năm, vào các dịp kỷ niệm ngày sinh hoặc ngày mất của cụ Trạng (đặc biệt là lễ dâng hương tưởng niệm vào mùa thu), đông đảo các thế hệ con cháu họ Phùng, người dân Thạch Thất và du khách thập phương lại hội tụ về đây. Ngôi đền trở thành biểu tượng cho tinh thần hiếu học, ý chí vượt khó và lòng yêu nước thương dân của người dân xứ Đoài.
Ghé thăm Đền thờ Trạng Bùng Phùng Khắc Khoan, bước đi dưới bóng mát sân đền, lắng nghe những giai thoại về vị hiền triết đổi đời cho hạt ngô Việt Nam, ta như được tiếp thêm ngọn lửa của sự thông tuệ và lòng tự hào dân tộc sâu sắc.
